مساحت زیربنای مسجد وزارت امور خارجه‌ افغانستان 360 متر مربع است که گنجایش همزمان سی‌صد نمازگزار را دارد. این مسجد در دو طبقه ساخته شده است که شامل مکان‌های مجزا برای اقامه‌ی نماز زنان و مردان، مکان‌های جداگانه برای وضو گرفتن زنان و مردان، اتاق برای امام مسجد، و کتابخانه است. مسجد مذکور دارای یک مناره، یک گنبد بزرگ، و سه گنبد کوچک می‌باشد.